天使・ユーライザの導きにより、アストルティアの遥か上空に浮かぶ天星郷フォーリオンでの冒険が始まる。
天使たちは、アストルティアを守る新たな神を誕生させる「神化の儀」を行うべく、儀式を受ける資格のある者を探している。そうして集まった英雄たちは、神化の儀により神となるはずが、怒りや憎悪に支配され「呪炎」を纏う「悪神」と化し、アストルティアや天使たちを滅ぼそうとする。

悪神たちのチカラにより、アストルティアの各地で異変が引き起こされる。
天使長から託された神具「神剣レクタリス」を携え、悪神たちから呪炎を切り離し、事態を収束させていく冒険者。
そして、神化の儀の失敗が、何者かの画策により引き起こされたことが判明する。

天星郷フォーリオンでも異変が発生する。異変を起こしたのは、悪神と化した英雄初代勇者アシュレイと初代盟友レオーネ。
彼らとの戦いを経て、初代勇者と大魔王の戦いの歴史、さまざまな世界を滅ぼす侵略者「ジア・クト念晶体」の存在、天星郷で発生した一連の騒動はジア・クト念晶体により引き起こされていたことが明らかになる。
そして、アストルティアを護る神具「アストルティアの楯」が破壊され、天使長が行方不明に……

ジア・クト念晶体の襲来による天星郷フォーリオンの混乱を収めるため、行方不明になった天使長を捜索することに。
プクランド大陸に流れ着いたらしいとの情報を元に向かってみると、そこは悪党プクリポたちの巣窟……！？
ジア・クト念晶体との戦いは激しさを増していく。そしてついに、ジア・クト念晶体の本拠地である「魔眼の月」と、ジア・クト念晶体の王「ジア・レド・ゲノス」がその姿を現した。

「アストルティアの楯」と「神剣レクタリス」には、ジア・クト念晶体に対抗できる特別なチカラが秘められているという。
神具を復活させるため、これまでの旅路で出会った仲間たちの協力を得て、神具が創られた神話の時代へ時を渡る。
神話の時代では「レクタリス」と名乗る天使と出会う……

神具に秘められていたのは、神々の命脈を糧に、海を裂き、山を砕き、大地を割るほどの絶大なチカラだった。
このチカラを使い、魔眼の月を破壊しようとするものの、ジア・クト念晶体は、超兵器をアストルティアへ差し向ける。
激闘の末、超兵器を退けることに成功するが……